Comme beaucoup a déjà été raconté dans la
Description de Metroid Prime 3: Corruption, ceci sera court, mais je vais essayer de couvrir ce qui est important.
Vous vous rendez d'abord sur Bryyo. Comme sur Elysia et la Planète des Pirates, votre mission sera de détruire la graine de Léviathan de la planète. Vous rencontrez un Rundas corrompu, que Samus Sombre finit par tuer. Afin d'atteindre la graine, vous bombardez deux signatures d'énergie, dont l'une est gardée par deux tourelles antiaériennes que vous détruisez manuellement. Sur Elysia, vous parvenez à endiguer la corruption de l'UA mais Ghor coupe la connexion avec Célestius avant de mourir à son tour. Grâce à son Rayon de Plasma, vous réparez la connexion et l'UA vous fait construire une bombe énorme à l'aide du puissant grappin de votre vaisseau, bombe que vous lâchez sur le champ de force de la graine pour pouvoir y accéder (la graine est située sur la surface d'Elysia, en environnement dangereux et difficile d'accès).
Vous allez ensuite sur la Planète des Pirates, où une graine y a été volontairement implantée par les pirates eux-mêmes (alliés avec Samus Sombre). Gandrayda, corrompue elle aussi, vous y piège avant de mourir à son tour. Vous finissez par désactiver le champ de force planétaire; la FG mène alors un assaut sur toute la surface. Pour accéder à la graine, vous passez par un tunnel secret, accompagné d'un commando entier de marines. À vous seul vous tuez un des Pirates les plus puissants et des mieux équipés, avant de détruire la dernière graine de Léviathan (gardée par un Ridley corrompu au Phazon).
Votre dernière mission consiste à éradiquer le Phazon et Samus Sombre pour de bon, en vous rendant sur la planète vivante Phaaze, planète mère de tout Phazon et de tout Léviathan. Cette dernière étant située extrêmement loin, vous allez devoir créer un trou de ver pour sauver l'Univers de la corruption...